同一案件於檢察官偵查後，自訴人就告訴乃論之罪，固仍得提起自訴，但該告訴乃論之罪部分如屬輕罪，而有裁判上一罪關係之重罪部分，則屬非告訴乃論時，因新修正刑事訴訟法第三百二十三條第一項但書，既已限定於檢察官偵查後之自訴，須以告訴乃論之罪之情形，始得提起，故法院應類推適用同法第三百十九條第二項但書規定「不得提起自訴之部分係較重之罪」之法理，認為該輕罪之告訴乃論之罪部分仍不得提起自訴，始符刑事訴訟法第三百二十三條第一項之立法意旨。

最高法院97年台上5662號判決

同一案件經檢察官依刑事訴訟法第二百二十八條規定開始偵查者，除告訴乃論之罪經犯罪之直接被害人提起自訴者外，不得再行自訴，同法第三百二十三條第一項規定甚明。其立法理由為：「為避免利用自訴程序干擾檢察官之偵查犯罪，或利用告訴，再改提自訴，以恫嚇被告，同一案件既經檢察官依法開始偵查，告訴人或被害人之權益當可獲保障，爰修正第一項檢察官『依第二百二十八條規定開始偵查』，並增列但書，明定告訴乃論之罪之除外規定。」，故本規定之立法目的，旨在限制自訴，防杜同一案件重複起訴之雙重危險，及避免同一案件經不起訴復遭自訴之訴訟結果矛盾。而本規定所謂「開始偵查」，係指檢察官依同法第二百二十八條之規定，知有犯罪嫌疑而開始偵查者而言；至「同一案件」係指所訴兩案之被告相同，被訴之犯罪事實亦屬同一；故實質上一罪固屬同一事實，想像競合犯及刑法修正前之牽連犯、連續犯之裁判上一罪者，亦屬同一事實。

又依上開規定，同一案件於檢察官偵查後，自訴人就告訴乃論之罪，固仍得提起自訴，但該告訴乃論之罪部分如屬輕罪，而有裁判上一罪關係之重罪部分，則屬非告訴乃論時，因新修正刑事訴訟法第三百二十三條第一項但書，既已限定於檢察官偵查後之自訴，須以告訴乃論之罪之情形，始得提起，故法院應類推適用同法第三百十九條第二項但書規定「不得提起自訴之部分係較重之罪」之法理，認為該輕罪之告訴乃論之罪部分仍不得提起自訴，始符刑事訴訟法第三百二十三條第一項之立法意旨。亦即裁判上一罪之一部分，若先經檢察官開始偵查，其效力及於全部，其他部分即應受上開法條之限制，而不得再行自訴，且不因自訴人與檢察官所主張之罪名不同而有異。因而自訴人自訴被告所犯之罪名如何？是否均屬告訴乃論之罪？固應以自訴狀所指之犯罪事實為斷，但法院於不妨害事實同一性之範圍即實質上一罪及裁判上一罪之全部犯罪事實，仍得自由認定事實、適用法律，不受自訴人所主張罪名之拘束。

最高法院98年台上2617號判決

刑事訴訟法第三百十九條第一項前段規定：「犯罪之被害人得提起自訴」，係指犯罪直接被害人，始得提起自訴，如非犯罪直接被害人，即不得為之。至於實質上或裁判上一罪之單一案件，在訴訟法上係單一訴訟客體而具不可分性，無從分別起訴、割裂審判。單一案件，倘就得自訴部分，依自訴程序追訴審判，餘不得自訴部分，另依公訴程序起訴審判，則有違審判不可分原則，是往昔司法實務上認為，實質上或裁判上一罪中如含有應經公訴之部分，不問應經公訴之部分，究係輕罪或重罪，犯罪直接被害人均不得就其直接被害部分提起自訴（司法院院字第一０九三、一五五四號解釋、院解字第三０三三號解釋、最高法院二十三年抗字第四八五號判例參照）。

三十四年十二月二十六日修正刑事訴訟法時，為免上開以重從輕之弊，兼顧自訴人之利益，加強對被害人之保護，乃增訂刑事訴訟法第三百十一條第二項前段規定：「犯罪事實之一部提起自訴者，他部雖不得自訴，亦以得提起自訴論」（五十六年一月二十八日修正時，改列為第三百十九條第二項，九十二年二月六日修正時，再改列為第三百十九條第三項）。然另為免因私害公，而於同條但書規定「不得提起自訴部分係較重之罪，或其第一審屬於高等法院管轄，或第三百十三條（即現行刑事訴訟法第三百二十一條）之情形者，不在此限」，亦即全部均不得自訴。是現行刑事訴訟法第三百十九條第三項所稱「他部雖不得自訴」、「不得提起自訴部分」者，應係指實質上或裁判上一罪中部分犯罪事實，非屬犯罪直接被害人而不得提起自訴者而言，並不包括原屬犯罪直接被害人因其他法律限制而不得再行自訴之情形（例如刑事訴訟法第三百二十二條、第三百二十三條第一項）。

另檢察官或自訴人認為被告所犯係實質上或裁判上一罪，以單一案件起訴，對法院僅產生單一訴訟關係，法院審理終結，在判決主文欄祇能諭知一審判之結果，始符控訴原則及刑事訴訟法第三百零八條關於判決書程式之規定，是法院認一部起訴事實經證明有罪，他部起訴事實不能證明犯罪，或應諭知不受理、免訴者，則應就有罪部分，於判決主文內諭知，至無罪、不受理、免訴部分，僅於判決理由內論斷，敘明不另於主文為無罪、不受理、免訴之諭知為已足，俾符彈劾（訴訟）主義一訴一判之原理。